A l’origine, le temple du Wat Phra Si Sanphet était en fait situé à l'intérieur de l'enceinte d'un Grand Palais dont les fondations sont encore visibles et servait de temple royal à l'image du
Wat Phra Kaew qui se trouve au Grand Palais à Bangkok. Ce palais avait été construit en 1350 sur ordre du roi U-Thong lors de la fondation de la ville. Utilisé comme un palais résidentiel, il est devenu un monastère sous le règne du roi Ramathibodi I. Puis, sous le roi Borom Trai Lokanat, il a été transformé en temple alors qu'il établissait son palais royal plus au nord. Le Wat Phra Si Sanphet fut fini en 1491. À l'apogée d'Ayutthaya, c'était le plus grand temple de la ville. Les trois chedis principaux qui ont été restaurés contiennent les cendres de trois rois d'Ayutthaya. L'endroit a été complètement détruit, à l'exception des 3 chedis, en 1767 lors de l'invasion du royaume par les birmans. Le Wat Phra Si Sanphet et ses trois chedis sont l'emblème de la ville d'Ayutthaya.